Ibu kota Wakatobi adalah Wangi-Wangi. Kabupaten Wakatobi terdiri dari empat pulau utama, yaitu Wangiwangi, Kalidupa, Tomia, dan Binongko. Jadi, Wakatobi adalah singkatan nama dari keempat pulau utama tersebut.
Sebelum 18 Desember 2003, kepulauan ini disebut Kepulauan Tukang Besi dan masih merupakan bagian dari Kabupaten Buton. Kabupaten Wakatobi berada di selatan garis khatulistiwa dan seperti daerah lain di Indonesia.
Wakatobi memiliki dua musim, yaitu musim hujan dan musim kemarau. Taman Nasional Wakatobi yang ditetapkan pada tahun 1996, dengan total area 1,39 juta hektar, menyangkut keanekaragaman hayati laut dan karang yang menempati salah satu posisi prioritas tertinggi dari konservasi laut di Indonesia.
Keindahan dan kekayaan kawasan Taman Nasional Wakatobi sebenarnya sudah terkenal di mancanegara, terutama setelah Ekspedisi Wallacea dari Inggris pada tahun 1995 yang menyebutkan bahwa kawasan di Sulawesi Tenggara ini sangat kaya akan spesies koral.
Pariwisata bahari adalah aktivitas wisata yang sudah lama dikenal dan merupakan pariwisata andalan di Taman Nasional Kepulauan Wakatobi. Kekayaan biota laut ini tidak lain karena hamparan terumbu karang yang sangat luas di sepanjang perairan dengan topografi bawah laut yang berwarna-warni seperti bentuk slop, flat, drop-off, atoll, dan gua bawah air.
Lebih dari 112 jenis karang dari 13 famili, antara lain Acropora formosa, A Hyacinthus, Psammocora profundasafla, Pavona cactus, Leptoseris yabei, Fungia molucensis, Lobophyllia robusta, Merulina ampliata, Platygyra versifora, Euphyllia glabrescens, Tubastraea frondes, Stylophora pistillata, Sarcophyton throchelliophorum, dan Sinularia spp tinggal harmonis bersama penghuni bawah laut lainnya.
Kekayaan ikan yang dimiliki taman nasional ini sebanyak 93 jenis. Di antaranya, Cephalopholus argus, takhasang (Naso unicornis), pogo-pogo (Balistoides viridescens), napoleon (Cheilinus undulatus), ikan merah (Lutjanus biguttatus), baronang (Siganus guttatus), Amphiprion melanopus, Chaetodon specullum, Chelmon rostratus, Heniochus acuminatus, Lutjanus monostigma, Caesio caerularea, dan lain-lain.
Perairan Wakatobi memiliki "tamu" setia yang menjadikan perairan Wakatobi sebagai taman bermainnya. "Tamu" itu tidak lain dan tidak bukan adalah ikan paus sperma (Physeter macrocephalus).
Biasanya, kawanan paus sperma berada di Wakatobi pada bulan November, saat belahan bumi lain membeku. Pada bulan tersebut, perairan Wakatobi relatif lebih hangat dan berlimpah pakan yang bisa mengenyangkan perut kawanan paus.
Wakatobi juga menjadi tempat bermain ikan pari manta (Manta ray) yang ukuran tubuhnya tergolong raksasa. Pari manta merupakan salah satu jenis ikan yang khas dan unik, yang hanya terdapat di perairan tropis.
Keberadaan 25 gugusan terumbu karang dan kedalamannya menjadikan perairan di Taman Nasional Kepulauan Wakatobi tempat yang ideal bagi berbagai jenis biota laut untuk tinggal, juga menjadikan penghuni laut di sini memiliki nilai estetika dan konservasi yang tinggi.