Selain ”surga” di bawah laut, Wakatobi kaya potensi kultural. Daerah ini menjadi satu dari empat basis pertahanan terluar Kesultanan Buton yang berjaya di abad ke-16 dan abad ke-17. Jejak 35 benteng pertahanan dari susunan batuan menyerupai karang bisa ditemui di sini.
Dahulu, Wakatobi punya nama lain, yakni Pulau atau Kepulauan Tukang Besi. Di Pulau Binongko, jejak para pandai besi itu masih bisa ditemui. Dari penuturan warga Wakatobi, pandai besi Binongko adalah pemasok parang yang digunakan Pattimura bertempur melawan penjajah.
Wakatobi juga menjadi daerah bermukim suku Bajo. Jika mendatangi perkampungan Bajo Mola di Wangi-Wangi, pengunjung akan diajak ”menonton” lumba-lumba di tengah laut atau belajar ilmu perbintangan.
Kekayaan kultural juga datang dari kearifan lokal warga. Di Waha, Wangi-Wangi, berkembang legenda Untu Waode, gurita yang dikisahkan bersaudara dengan penduduk Waha, meminta agar terumbu karang tidak dirusak.