Potensi konflik horizontal antarpemangku kepentingan terlihat dari munculnya persaingan tak sehat antarpelaku wisata, seperti perang harga di persewaan alat-alat selam dan mobil.
Potensi konflik antara pelaku usaha kecil dan pemodal besar juga mulai muncul. Ada operator selam dan snorkeling yang dilarang mendekati titik-titik penyelaman tertentu oleh pemodal asing di salah satu resor. Konflik ini pun sudah dilaporkan ke Pemkab Wakatobi.
Benturan antarpemerintah juga bisa terjadi. Hampir seluruh area Wakatobi merupakan bagian dari kawasan Taman Nasional Wakatobi.
Sesuai Peraturan Pemerintah Nomor 12 Tahun 2014 tentang Jenis dan Tarif Atas Jenis Penerimaan Negara Bukan Pajak yang Berlaku pada Kementerian Kehutanan, karcis masuk kawasan suaka alam berkisar Rp 150.000-Rp 250.000 per orang per hari untuk wisatawan mancanegara (wisman) dan Rp 5.000-Rp 20.000 untuk wisatawan Nusantara (wisnus), tergantung rayon kawasan.