Jalur pendakian yang terjal menuju Puncak Gunung Pakuwaja bisa membahayakan jika pendaki tidak berhati-hati. Tingkat bahayanya akan semakin meningkat saat cuaca buruk seperti hujan atau angin kencang.
Jika hujan lebat, jalur yang terjal menjadi licin sehingga membuat pendaki rawan terpeleset. Apabila sampai terpeleset, maka risikonya akan fatal karena pendaki bisa jatuh dari tempat yang cukup tinggi.
Angin kencang pun menjadi rute terjal menjelang puncak dengan jurang di kanan-kiri jalur menjadi semakin membahayakan. Angin yang sangat kencang bahkan bisa membuat tubuh pendaki terempas.
Menurut Mas Shi Jeck, waktu terbaik untuk mendaki Gunung Pakuwaja adalah antara bulan Juni hingga September. Saat cuaca buruk, pendakian akan ditutup. Selain itu, penututpan rutin biasanya dilakukan antara Januari sampai April.