Namun yang menjadi habitat utama komodo dan menjadi bagian dari Taman Nasional Komodo adalah Pulau Komodo, Rinca dan Padar.
Selain Pulau Komodo yang menjadi tujuan utama turis, danau tiga warna Kelimutu di Kabupaten Ende, Flores juga menjadi destinasi wisata yang wajib dikunjungi.
Pesona lain
Selain Komodo dan Danau Kelimutu, NTT menyimpan ragam pesona alam lainnya yang patut menjadi tujuan wisata. Seperti Liang Bua, sebuah goa di bukit batu kapur di Kabupaten Manggarai, Flores yang memiliki ukuran cukup besar yaitu panjang 50 meter dan lebar 40 meter dengan tinggi 25 meter.
Masyarakat lokal sangat akrab dengan goa ini dan karena ukurannya yang besar gua ini pernah digunakan sebagai tempat ibadah dan sekolah.
Jika ingin berwisata religi bagi umat Nasrani bisa ke Larantuka, ibukota Flores Timur.
Pada saat menjelang dan saat perayaan Paskah umat Katolik, Larantuka yang juga disebut "kota reinha" selalu "dibanjiri" ribuan peziarah dari berbagai kota di pelosok Tanah Air, bahkan dari luar negeri.
Ada pula desa adat Bena di Bajawa. Rumah-rumah yang terbuat dari alang-alang berdiri rapi berjejer mengikuti bukit dan terdapat batu di tengah yang merupakan kuburan para leluhur.
Jika ingin menikmati kesegaran air pegunungan, bisa mengunjungi air terjun Cunca Rede yang terletak di kampung Nampung desa Ponggeok.
Dengan tinggi 30 meter, air terjun Cunca Rede merupakan air terjun terindah di Manggarai dan bisa ditempuh dengan berjalan kaki sekitar lima jam dan di sepanjang perjalanan, mata akan dimanjakan pemandangan indah hamparan sawah dan perkampungan tradisional.
Belum lagi keindahan bawah laut yang dimiliki NTT, di sekitar Taman Nasional Komodo dan Labuan Bajo terhampar terumbu karang yang indah dengan berbagai jenis ikan, dan sumberdaya alam laut lainnya.