Ketersidaan jaringan dan waktu keberangkatan serta kedatangan oleh Lion Air dan Batik Air di YIA diharapkan dapat menjadi pilihan tepat dalam bepergian yang semakin melengkapi perjalanan udara tujuan Yogyakarta secara langsung (non-stop) maupun penerbangan lanjutan (connecting flight).
Untuk fasilitas di Bandar Udara YIA, terminal keberangkatan domestik Batik Air berada di Island B, meja pelaporan (counter check-in) nomor B25-B32. Untuk Lion Air keberangkatan domestik di Island C, counter check-in nomor C9-C16.
Layanan pelanggan (customer services) sampai saat ini terdapat atau tersedia di masing-masing Island. Ruang tunggu (boarding gate/ waiting room) berada di lantai 3, yang akan terbagi menggunakan jalur penghubung dan menggunakan bus.
Baca juga: Lion Air Group Tunda Sementara Layanan Domestik Rute dari dan ke Papua
Batik Air dan Lion Air mulai beroperasi di Bandar Udara Internasional Yogyakarta Kulonprogo pada 2019 dengan penerbangan perdana dan rute yang dilayani penerbangan domestik ke beberapa kota di Indonesia.
Di Bandar Udara Internasional Adisutjipto, Lion Air sudah beroperasi sejak November 2002, sedang Batik Air pada Maret 2014.
Perpindahan operasional di Yogyakarta Kulonprogo menandai YIA sebagai bandar udara kedua di Yogyakarta dan bandar udara kelima di kawasan Jogja Solo Semarang (Joglosemar) yang dilayani Lion Air Group untuk penerbangan sipil komersial.