Tahap pertama dikerjakan pada masa Sultan Agung, sedangkan tahap yang kedua dikerjakan oleh Pakubuwono.
Sultan Agung membangun masjid menggunakan tiang berupa kayu. Sementara, saat Masjid Kotagede direnovasi, ia memilih menggunakan tiang besi.
Untuk menandakan dibangunnya masjid tersebut, terdapat dua prasasti sebagai tanda pembangunan masjid.
3. Masjid Pathok Negara Sulthoni Plosokuning
Masjid ini berada di Desa Minomartani, Kecamatan Ngaglik, Kabupaten Sleman, Yogyakarta.
Bangunan Masjid Pathok Negara Plosokuning memiliki luas bangunan sekitar 228 meter persegi dan berdiri setelah Masjid Agung Yogyakarta pada 1724.
Pendirinya adalah Kiai Mursodo yang merupakan keponakan Sri Sultan HB I.
Nama "Plosokuning" diambil dari sebuah nama pohon yaitu ploso yang berada di sekitar masjid.
Ploso memiliki dedaunan yang berwarna kuning, sehingga kemudian dinamakan "Plosokuning".
4. Masjid Agung Surakarta
Masjid Agung Surakarta merupakan peninggalan Kerajaan Mataram. Masjid ini berada di barat Alun-Alun Utara Keraton Surakarta.
Awalnya, masjid ini dibangun oleh Paku Buwono III pada 1763, dengan pengaruh arsitektur Jawa Kuno dan Belanda.
Bangunan masjid ini dominan kayu dan bagian dinding utama juga terbuat dari kayu dengan ditempeli berbagai prasasti bertulisan Jawa kuno.
Baca juga: Masjid-masjid di Jabotabek-Jabar Mulai Pakai Kencleng Digital
Pada masa Paku Buwono IV, pembangunan mahkota masjid mulai dibangun.
Di Masjid Agung Surakarta terdapat kolam-kolam air yang digunakan untuk sarana wudhu dan jam matahari peninggalan Pakubuwono IV.